1. Религия часто употребляется не во благо. Часто она использует не во благо веру.
2. С точки зрения верующего, в физиках, даже отрицающих возможность существования Бога, нет ничего плохого. Кажется, у христиан есть изречение: "Не судите, да не судимы будете".
С точки зрения официальных представителей культа - не знаю.
С точки зрения физики как таковой - думаю, такое отрицание обнажает некую ограниченность мышления. Это тоже не плохо. Хотя лучше, чтобы ученый был всесторонне образован.
Только вряд ли создание кафедры теологии решит эту проблему.